Henry Grover fundou o Watford Rovers e jogou nele como lateral. O time virou seção de futebol do West Hertfordshire Club and Ground em 1891, adotou o nome West Herts em 1893 e entrou na Southern League em 1896. No começo de 1897-98, com público abaixo de 200 pessoas, virou profissional para sobreviver. A fusão com o vizinho Watford St. Mary's saiu em 15 de abril de 1898, e dela veio o nome de hoje. Depois do rebaixamento de 1903 chegou o primeiro técnico, John Goodall, ex-jogador da seleção inglesa e artilheiro da primeira divisão, que subiu o time e ficou até 1910. Com Harry Kent veio o título da Southern League de 1914-15, segurado por cinco anos porque a Primeira Guerra suspendeu a competição.
Em 1920 o Watford abandonou a Southern League para entrar na nova Terceira Divisão da Football League, e dois anos depois trocou a Cassio Road, onde ficara 32 anos, pelo Vicarage Road, campo da cervejaria Benskins que ficou alugado até 2001. O 21º lugar entre 22 clubes em 1926-27 só não custou a vaga porque a Football League votou pela permanência. A primeira subida pela liga veio em 1959-60, com Cliff Holton marcando 42 gols de campeonato numa só temporada, número que ninguém no clube encostou depois. Em 1970 saiu a primeira semifinal de Copa da Inglaterra, com Stoke City e Liverpool eliminados no caminho, e o público recorde segue sendo 34.099 pessoas contra o Manchester United, em 3 de fevereiro de 1969.
A coisa mais improvável do futebol inglês é um clube de quarta divisão que virou vice-campeão da primeira em seis anos. Elton John assumiu a presidência do clube em 1976, pôs Graham Taylor no comando e os dois subiram três divisões seguidas, com Ross Jenkins artilheiro da terceira divisão em 1978-79, 29 gols. Luther Blissett fez 186 gols em 503 jogos e é o maior de todos em qualquer conta que se faça. Foi vendido ao Milan em 1983 e estava de volta em uma temporada.
O vice de 1982-83 continua sendo a melhor campanha da história. No ano seguinte veio a final da Copa da Inglaterra, perdida para o Everton, e a segunda final, em 2019, acabou em 6 a 0 para o Manchester City. Duas finais, duas derrotas, nenhum título de primeira divisão nem de copa em cento e quarenta anos.
A quebra da ITV Digital pôs o clube diante da administração judicial em 2002-03, e o caixa se salvou com um acordo de jogadores e funcionários para adiar 12% do salário, mais a campanha até a semifinal da Copa da Inglaterra. A escritura do Vicarage Road, comprada em 2001, foi vendida por 6 milhões de libras em 2002 com recompra prevista em 7 milhões, e a torcida bancou a volta em 2004, na campanha Lets buy back the Vic. Ashley Young saiu por 9,65 milhões de libras em janeiro de 2007, recorde de venda na época.
A família Pozzo comprou o clube em 2012 e trouxe o método do clube-irmão, em que a Udinese abastece o Watford de jovem estrangeiro e o técnico é peça descartável. Foram três treinadores em pouco mais de um mês em 2014-15, e outros três na temporada de 2025-26. Em junho de 2024 os Pozzo puseram 10% do clube à venda para a torcida, para gerar caixa. Numa carreira, é o clube que vende antes de ganhar. O modelo é garimpar jovem no continente, dar minutos na Championship e revender à Premier League. Richarlison a 50 milhões de libras é o teto do que essa conta já rendeu.