A árvore genealógica deste clube tem mais fusões que qualquer outro desta coleção. A casa mais antiga é o FC GERMANIA KALK, fundado em 1º de julho de 1904, um dos clubes de futebol mais antigos de Colônia. Em 1909 ele se fundiu com o FC Kalk para formar o SV Kalk 04; em 1911 esse clube se uniu ao Mülheimer FC para criar o VfR Mülheim-Kalk 04; e em 1918, quando Kalk e Mülheim foram incorporadas a Colônia, o nome virou VfR Köln 04 rrh. Em 1926 o VfR ganhou o primeiro campeonato do oeste alemão e entrou no campeonato nacional.
Depois vieram mais uniões. Em 1949 o VfR se fundiu com o Mülheimer SV, o parceiro dos tempos de guerra, para virar SC Rapid Köln. Em 1957 o Rapid se juntou ao rival local SC Preußen Dellbrück para formar o SC Viktoria 04 Köln, e o Dellbrück era o mais vitorioso dos dois: chegou à SEMIFINAL do campeonato alemão de 1950, eliminado pelo Kickers Offenbach numa partida de desempate depois de um 0 a 0. Em 1963 a CIDADE escolheu o Viktoria como representante na Copa das Feiras, antecessora da Copa da UEFA, e o clube não aproveitou.
O melhor momento esportivo foi entre 1978 e 1981, na 2. Bundesliga, com um QUARTO lugar em 1979-80 como maior resultado da história. Em 1994 veio a fusão com o SC Brück, que criou o SCB Preußen Köln, batizado em homenagem ao Preußen Dellbrück; em 2002 o nome virou SCB Viktoria Köln. E aí a queda: Verbandsliga, o quinto nível, em 2004; LANDESLIGA, o SEXTO, em 2009-10. Em 1º de agosto de 2010 o SCB Viktoria pediu INSOLVÊNCIA.
O clube de hoje nasceu daquela falência. Em 22 de junho de 2010, um clube novo chamado FC Viktoria Köln foi fundado e assumiu as categorias de base do clube insolvente. Esperava-se que ele começasse na Landesliga, onde o antigo estava (mas a federação o obrigou a começar na KREISLIGA D, a liga mais baixa que existe. A saída foi jurídica e criativa: em 24 de fevereiro de 2011 os sócios decidiram incorporar o departamento de futebol adulto do FC JUNKERSDORF, que havia sido campeão da Mittelrheinliga de 2010-11) e assim o FC Viktoria Köln pôde começar 2011-12 na NRW-Liga.
Ganhou aquela liga por UM PONTO sobre o Sportfreunde Siegen, com MIKE WUNDERLICH artilheiro, TRINTA E DOIS gols. Wunderlich é hoje o maior artilheiro E o recordista de partidas da história do clube: 194 gols em 347 jogos. E a estrutura que sobrou daquela falência produziu o negócio que define esta casa: SAID EL MALA foi vendido ao 1. FC KÖLN por 2,23 MILHÕES de euros em 2024, a maior venda da história do clube, e o irmão dele, MALEK, foi para o mesmo lugar por 125 mil no mesmo ano.