A linhagem do clube começa em 1906, com o FC Olympia Oberschöneweide, num bairro industrial no sudeste de Berlim. A divisão da cidade partiu essa história em duas: o clube atual, o 1. FC Union Berlin, foi fundado em 20 de janeiro de 1966 em Berlim Oriental, e só entrou na estrutura do futebol alemão unificado depois da reunificação, em 1990. O único título nacional da era socialista é a Copa da Alemanha Oriental de 1968.
Desde 1920 a casa é o Stadion An der Alten Försterei, no meio de uma floresta urbana, o segundo maior estádio da capital. Em 2008 ele foi reformado de um jeito que virou a história mais conhecida do clube: cerca de dois mil torcedores trabalharam de graça na obra, carregando material e cavando, e o estádio foi refeito com mão de obra da própria arquibancada. É lá que acontece o Weihnachtssingen, o evento de cantos de Natal que enche o estádio todo dezembro com gente que não veio ver futebol.
A subida foi lenta e depois muito rápida. O clube ganhou a terceira divisão em 2009 e passou dez temporadas na segunda, de 2009 a 2019. Em 2019 subiu à Bundesliga pela primeira vez na história. Em 2021 terminou em sétimo e se classificou para a primeira edição da Liga Conferência; em 2022 terminou em quinto e foi à Liga Europa; em 2023 terminou em QUARTO e foi à Liga dos Campeões, quatro temporadas depois de estrear na primeira divisão.
O que o clube construiu no caminho é uma identidade que o resto da Alemanha usa como referência. São 72.172 sócios em 30 de junho de 2026, numa cidade em que o clube grande sempre foi outro, e o cântico Eisern Union, União de Ferro, virou a marca de uma torcida que se define pela oposição a tudo o que o futebol moderno faz. É por isso que a rivalidade mais carregada da casa não é com o vizinho, é com o RB Leipzig, a 190 quilômetros.
No mercado o clube trabalha pequeno e bem. A maior compra da história são os 13 milhões de euros de Robin Gosens à Internazionale em 2023, e a maior venda são os 20,5 milhões de Taiwo Awoniyi ao Nottingham Forest em 2022, Awoniyi tinha sido comprado do Liverpool por 8,55 milhões um ano antes. A janela de 2026 foi feita de graça e por miudeza: Zeno Van Den Bosch e Marvin Friedrich sem custo, Stanley Nsoki por 1,5 milhão, Michel Aebischer por 3,5, e a base entregou três garotos de dezesseis a dezenove anos.
