A origem deste clube é um título. No fim de 1954-55 o time juvenil da Real Sociedad foi CAMPEÃO DA ESPANHA, batendo o Sevilla na final, e a diretoria do presidente José María Gastaminza decidiu não desmanchar aquela geração, ela era boa e jovem demais para o time principal e boa demais para perder. Para a temporada 1955-56 inscreveu na federação um time em categoria regional com o mesmo nome do clube-mãe, para servir de ponte entre o juvenil e o profissional.
Em 1957 esse time subiu à terceira divisão, e como o regulamento não permitia dois clubes de mesmo nome em categoria nacional, o filial passou a se chamar SAN SEBASTIÁN CLUB DE FÚTBOL, popularmente Sanse, que é o apelido até hoje. Em 1960 chegou à segunda divisão. Na temporada 1961-62 fez a melhor classificação da história, um QUINTO lugar.
E aí veio o paradoxo que define o que é ser time B na Espanha: na mesma temporada em que o filial foi quinto, a Real Sociedad caiu da primeira para a segunda divisão. Como um filial não pode jogar na mesma categoria que o clube-mãe, a queda da Real ARRASTOU o Sanse para a terceira divisão. Quinto lugar e rebaixamento no mesmo ano.
Depois do descenso forçado, Javier Expósito dirigiu o Sanse por VINTE ANOS, de 1962 a 1982. O time não voltou à segunda divisão naquele período, e não é por isso que aqueles vinte anos importam: foi ali que se formaram os jogadores que fizeram a Real Sociedad CAMPEÃ ESPANHOLA duas vezes seguidas, em 1980-81 e 1981-82. Ao completar cinquenta anos, em 2007, o clube já havia usado 486 jogadores.
Em 1992 uma mudança de norma obrigou o nome atual, Real Sociedad de Fútbol B. Os playoffs de subida vieram em 1991, 2006 e 2018 sem sucesso, até 2021: com XABI ALONSO como treinador, o Sanse liderou as duas fases da Segunda B, bateu o FC Andorra por 2 a 1 e o Algeciras por 2 a 1 na final, o retorno à segunda divisão CINQUENTA E NOVE anos depois. Estreou com 1 a 0 sobre o Leganés, terminou em vigésimo e caiu. Voltou em 2025, batendo o Nàstic de Tarragona por 4 a 3 no agregado, e 2026-27 é a QUINTA temporada de segunda divisão em setenta e um anos.