Este clube foi fundado como FC Preußen em 30 de abril de 1906, a partir de um grupo formado no colégio Johann-Conrad-Schlaun. Historiadores atribuem a razões PATRIÓTICAS a escolha de homenagear a Prússia no nome, e o animal do escudo é a ÁGUIA PRUSSIANA. No começo o clube não tinha campo próprio e jogava num terreno de PARADA MILITAR em Loddenheide, o general barão von Bissing deu permissão com uma condição: as traves tinham de ser DESMONTADAS depois de cada treino.
A primeira vitória foi em 24 de junho de 1907, 5 A 0 sobre o FC Osnabrück. Subiu à primeira liga do oeste em 1908, ganhou o campeonato da Vestfália em 1914 e outra vez em 1921, quando adotou o nome atual. Em 1933 chegou à Gauliga Westfalen, foi rebaixado duas vezes, e a segunda queda, em 1941, tirou o clube da primeira divisão até depois da Segunda Guerra.
O retorno à Oberliga West em 1948-49 veio com uma notoriedade específica: este clube foi o PRIMEIRO DA ALEMANHA A MONTAR UM TIME COMPRANDO JOGADORES, algo inédito num país comprometido com o ideal do amadorismo. Siegfried Rachuba, Adolf Preissler, Rudolf Schulz, Felix Gerritzen e Josef Lammers formaram um ataque de cinco que a imprensa apelidou de LINHA DOS CEM MIL MARCOS, embora aquele dinheiro nunca tenha efetivamente mudado de mãos. Rachuba segue o maior artilheiro de primeira divisão da história do clube, com 97 gols em 238 jogos.
O investimento rendeu a final do CAMPEONATO ALEMÃO de 1951, diante de 107 MIL pessoas no Estádio Olímpico de Berlim, contra o 1. FC Kaiserslautern. Gerritzen marcou primeiro; dois gols de Ottmar Walter decidiram. Doze anos depois, como um dos CINCO clubes da Oberliga West admitidos na Bundesliga inaugural de 1963, este clube fez uma aparição relâmpago: 15º lugar, penúltimo, rebaixado na primeira temporada.
Nos anos 1970, o presidente Günter Wellerdieck assumiu risco financeiro considerável para voltar à primeira divisão. Não deu: quinto lugar em 1973-74 e terceiro em 1977-78 e 1978-79. Wellerdieck e outros dirigentes renunciaram em 1978 em meio a dificuldades financeiras e acusações de FRAUDE FISCAL, e o declínio continuou até a Amateur Oberliga Westfalen em 1981-82. Em 1994 o clube ganhou o campeonato amador alemão, 1 a 0 sobre o Kickers Offenbach. Em 2006 caiu à quarta divisão, gastou alto com veteranos de segunda e terceira para subir de volta, FALHOU, e então se reconstruiu com jogadores jovens e um treinador jovem e desconhecido: ROGER SCHMIDT, que depois dirigiu Bayer Leverkusen, PSV e Benfica. O clube tem hoje 15 mil sócios e o Preußenstadion tem 14 mil lugares.