Fundado em 1876 e profissionalizado em 1899, o Middlesbrough subiu à primeira divisão inglesa em poucos anos e terminou em terceiro lugar em 1913-14, o melhor resultado da história do clube na elite, antes da Primeira Guerra interromper o avanço.
O time voltou à segunda divisão no entreguerras e a reergueu como campeão em 1926-27, com o estreante George Camsell fazendo 59 gols na competição, ainda hoje recorde da categoria. Rebaixado à terceira divisão em 1966, revelou Brian Clough como artilheiro antes de o atacante virar um dos técnicos mais premiados da história do futebol inglês em outros clubes. Jack Charlton devolveu o Middlesbrough à elite em 1973 com um recorde de 65 pontos na campanha, e em 1975-76 veio o primeiro troféu profissional da história, a Copa Anglo-Escocesa.
Em abril de 1986 o clube tomou empréstimo da associação de jogadores só para pagar salário e esteve a dez minutos de perder o registro na Football League, salvo por um consórcio liderado por Steve Gibson. Sob Gibson, Bryan Robson assumiu como jogador-técnico em 1994 e trouxe nomes como Juninho e Fabrizio Ravanelli, e o time perdeu as duas finais de 1996-97, a Copa da Liga e a Copa da Inglaterra, na mesma temporada em que caiu de divisão.
Steve McClaren assumiu em 2001 e comandou o período mais bem-sucedido da história recente, com o primeiro troféu maior do clube, a Copa da Liga de 2004 contra o Bolton, e a única final continental, a Copa da UEFA de 2006, perdida por 4 a 0 para o Sevilla depois de duas viradas de 3 a 0 no agregado contra Basel e Steaua Bucareste. Gareth Southgate assumiu em seguida e não sustentou o nível, caindo à Championship em 2009.
Desde então o clube alterna temporadas de meio de tabela com campanhas de acesso, com uma única passagem pela Premier League em 2016-17 sob Aitor Karanka, que também perdeu a final do playoff de 2015 para o Norwich. Michael Carrick chegou às semifinais do playoff em 2023, e o sueco Kim Hellberg assumiu em novembro de 2025. Steve Gibson segue como dono, e o Boro é o único clube profissional relevante da região de Teesside.