O clube nasceu em 1880 como St. Mark's, o time da igreja de West Gorton, virou Ardwick em 1887 e só passou a se chamar Manchester City em 16 de abril de 1894, a temporada em que também adotou a camisa azul-celeste. O primeiro título veio da segunda divisão em 1899, e o primeiro grande em 23 de abril de 1904, uma Copa da Inglaterra ganha do Bolton por 1 a 0, que fez do City o primeiro clube de Manchester a levantar troféu nacional.
A primeira era de ouro veio com Joe Mercer e Malcolm Allison entre o fim dos anos 1960 e o começo dos 1970. Saíram dali o campeonato inglês de 1967-68, a Copa da Inglaterra de 1969, a Copa da Liga e a Recopa Europeia de 1970. Foi o primeiro time inglês a ganhar um troféu nacional e um europeu na mesma temporada, e o primeiro a ter vencido a primeira divisão, a Copa da Inglaterra, a Copa da Liga e uma competição europeia.
Depois veio a queda mais longa que um campeão europeu já teve na Inglaterra. Em 1998 o clube desceu à terceira divisão, o único vencedor de troféu continental do país a chegar tão fundo, subiu em 1999 e está na Premier League sem interrupção desde 2002-03. Em 2003 saiu de Maine Road, onde 84.569 pessoas assistiram a um jogo de Copa da Inglaterra contra o Stoke em 3 de março de 1934, recorde de público de clube na Inglaterra até hoje.
A compra pelo Abu Dhabi United Group, de Sheikh Mansour, em agosto de 2008, trocou a escala do clube. Vieram a Copa da Inglaterra de 2011 e o campeonato de 2011-12, decidido pelo gol de Agüero aos 93 minutos e 20 segundos contra o Queens Park Rangers, o primeiro título inglês em 44 anos. Sob Pep Guardiola, entre 2016 e 2026, foram 20 troféus, os 100 pontos de 2017-18, a primeira tríplice coroa nacional do futebol inglês masculino em 2018-19, o tríplice continental de 2022-23 e quatro campeonatos seguidos entre 2020-21 e 2023-24, o que ninguém tinha feito por lá.
Numa carreira, este é o clube em que o dinheiro nunca é o problema e a régua é impossível. A temporada 2025-26 terminou com a Copa da Inglaterra e a Copa da Liga na sala de troféus, vice-campeonato inglês com 78 pontos e a saída de Guardiola depois de 593 jogos. Enzo Maresca assinou por três anos em 29 de junho de 2026 e a primeira janela dele custou 154,9 milhões de libras, dos quais 116 num único jogador.