O primeiro time da cidade foi o Málaga Football Club, de 1903. Em 11 de agosto de 1927 Alfonso XIII aceitou a presidência de honra e a casa virou Real Málaga, até a crise obrigar a reaparecer como Málaga Sport Club em 1930-31. A fusão de 22 de março de 1933 criou o Club Deportivo Malacitano, que em 19 de julho de 1941 virou Club Deportivo Málaga.
O Club Atlético Malagueño nasceu em 25 de maio de 1948 como filial, e foi isso que salvou o futebol da cidade: quando o CD Málaga desapareceu por insolvência em julho de 1992, o filial tinha registro próprio na federação e herdou o lugar. Um referendo de sócios em 19 de dezembro de 1993 trocou o nome, e o Málaga Club de Fútbol existe desde 19 de junho de 1994. Da segunda B à primeira divisão em duas temporadas: 4 a 1 no Terrassa em 28 de junho de 1998, com três gols de Pablo Guede, e o título da segunda em 1998-99, com Catanha artilheiro da divisão com 26 gols. Fora esse e a Copa Intertoto de 2002, não há troféu nacional em toda a história.
La Rosaleda foi inaugurada em 1941, reformada para a Copa do Mundo de 1982, quando chegou a 45 mil lugares, e teve as arquibancadas derrubadas e reconstruídas entre 2000 e 2006, reabrindo em 14 de setembro de 2006 com os 30.044 lugares atuais, na capital da Costa do Sol, de 580 mil habitantes. Em 10 de dezembro de 2010 o novo dono anunciou um Qatar Stadium de 65 mil lugares que nunca saiu do papel.
Abdullah ben Nasser Al Thani comprou o clube em 11 de junho de 2010 e gastou como nenhum time andaluz havia gastado. Manuel Pellegrini assumiu em novembro daquele ano, e a janela de 2011 trouxe Santi Cazorla por 23 milhões de euros, Jérémy Toulalan por 11, Nacho Monreal por 6, Isco por 6 e Joaquín por 4,2. Em 13 de maio de 2012 o quarto lugar de 2011-12, melhor classificação da história, virou vaga na Liga dos Campeões.
Na estreia na Champions venceu os três primeiros jogos do grupo sem sofrer gol, com 3 a 0 no Zenit em 18 de setembro de 2012, e em 13 de março de 2013 o 2 a 0 no Porto, com gols de Isco e Roque Santa Cruz, fez dele o sétimo espanhol a alcançar as QUARTAS DE FINAL da Champions. A UEFA pagou 32 milhões de euros pela campanha. A eliminação foi em 9 de abril no Signal Iduna Park, 3 a 2 do Borussia Dortmund, com dois gols sofridos nos acréscimos, os dois em posição de impedimento não marcada. É o ponto mais alto que um clube andaluz atingiu na Europa.
Depois o dinheiro parou. A UEFA multou 300 mil euros em dezembro de 2012 e excluiu o clube da competição seguinte; em 11 de junho de 2013 o TAS negou o recurso e a Liga Europa do sexto lugar sumiu. Vieram salários atrasados, o rebaixamento de 19 de abril de 2018, com gol do Levante no minuto 90 encerrando dez temporadas na elite, e a queda à TERCEIRA divisão em 2023, com dez vitórias no ano inteiro. A volta à segunda saiu em um ano, com gol de Antonio Cordero no minuto 122 contra o Nàstic, e a subida à primeira, em 2026, pelo playoff sobre Las Palmas e Almería. Isco tinha sido vendido ao Real Madrid por 30 milhões de euros em 2013 e Cazorla ao Arsenal por 19 em 2012, as duas maiores vendas da casa, feitas antes do colapso. A reconstrução é toda do Atlético Malagueño: o elenco de 2026-27 tem vinte e sete jogadores, TREZE do time B, vinte e cinco espanhóis, e a janela inteira não pagou uma taxa de transferência.
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