O Lincoln City nasceu em 1884, como associação amadora, da dissolução do Lincoln Rovers, e estreou com 9 a 1 sobre o vizinho Sleaford em 4 de outubro daquele ano. Jogava no John O'Gaunts, campo cedido pelo cervejeiro Robert Dawber, e já disputou a Copa da Inglaterra de 1884-85. Foi um dos fundadores da Midland League em 1889 e a venceu na primeira temporada inteira de liga. Virou profissional em 1891-92 e no ano seguinte era fundador da Segunda Divisão da Football League, cuja estreia foi um 4 a 2 do Sheffield United fora, em 3 de setembro de 1892.
A morte de Dawber, em 1895, levou o time do John O'Gaunts para o Sincil Bank, onde joga desde então. Em 2 de setembro de 1899, contra o Middlesbrough, o Lincoln foi apenas o TERCEIRO clube da Football League a escalar um jogador negro, John Walker. O quinto lugar da Segunda Divisão de 1901-02 segue como a melhor colocação da história. Depois vieram três expulsões por voto: o clube perdeu a reeleição à liga em 1908, 1911 e 1920, num sistema em que os próprios pares decidiam quem ficava, e nas três voltou de imediato ganhando a Midland League.
Fundador da Terceira Divisão Norte em 1921, o Lincoln venceu esse campeonato três vezes, em 1932, 1948 e 1952, e o último rendeu nove temporadas seguidas no segundo nível. É da mesma época a maior vitória de liga da história, 11 a 1 sobre o Crewe Alexandra em 29 de setembro de 1951, e o recorde de público em jogo de liga, 23.146 pessoas contra o Grimsby Town em 5 de março de 1949. Dois rebaixamentos em sequência deixaram o time na quarta divisão em 1962, e de lá ele só saiu com o título de Graham Taylor em 1975-76.
A queda de 1978-79 e a subida de 1980-81 abriram a década mais dura. Em 1982 o clube vendeu o Sincil Bank à prefeitura por 225 mil libras para escapar de um despejo, com arrendamento de 125 anos, e só recomprou o estádio em 2000, por 175 mil libras, sob o presidente John Reames. No meio disso, dois rebaixamentos seguidos fizeram do Lincoln, em 1987, o PRIMEIRO clube rebaixado automaticamente da Football League para o futebol não profissional. Voltou de primeira, campeão da Conference em 1987-88.
Subiu em 1997-98 e caiu na temporada seguinte, e em 3 de maio de 2002 entrou em recuperação judicial. Entre 2002-03 e 2006-07 chegou ao playoff de acesso cinco temporadas seguidas, recorde da competição, mas perdeu as duas finais que disputou, em 2002-03 e 2004-05, e caiu na semifinal outras três vezes, sem nunca completar a subida. Saiu da liga pela outra ponta: perdeu em casa para o Aldershot Town no último jogo de 2010-11 e voltou ao futebol não profissional por seis temporadas.
Danny e Nick Cowley encerraram esse exílio com o título da National League de 2016-17 e uma campanha de copa que passou por Ipswich Town, Brighton e um 1 a 0 sobre o Burnley, da primeira divisão, até as quartas de final, onde o Arsenal ganhou por 5 a 0, o primeiro time de fora da liga a chegar lá em 103 anos. Vieram o Troféu da EFL de 2018, 1 a 0 sobre o Shrewsbury Town na primeira ida a Wembley, e o título da League Two de 2018-19. A final do playoff de 2021 ficou com o Blackpool, mas o acesso veio em 6 de abril de 2026, com 2 a 1 sobre o Reading, e a invencibilidade de 29 jogos fechou com o título da League One e 103 pontos, recorde do clube, e a primeira Championship em 65 anos.
