O clube foi oficialmente fundado em 23 de junho de 1928, numa reunião em Madri, com Ramón del Hierro como primeiro presidente, e jogou a primeira temporada na SEXTA divisão do futebol espanhol. Em 1936 teve de suspender as atividades por causa da Guerra Civil, e ficou inativo até se reformar em 4 de setembro de 1946.
Passou a maior parte da existência nas divisões de baixo. Chegou à terceira divisão em 1987, subiu à segunda seis anos depois e ficou onze temporadas, com dois oitavos lugares consecutivos entre 1995 e 1997 como melhor resultado. Em 24 de dezembro de 2008 Victoria Pavón e Felipe Moreno compraram a maioria das ações, e desde julho de 2009 ela é a presidente.
A subida a LaLiga veio em 4 de junho de 2016, com um 1 a 0 fora contra o Mirandés, a PRIMEIRA da história, e fez deste o QUINTO clube da Comunidade de Madri a jogar a primeira divisão, depois de Real Madrid, Atlético, Rayo Vallecano e Getafe. Foram quatro temporadas na elite, com o 13º lugar de 2018-19 como melhor campanha.
Nessa passagem veio a maior noite da história: a primeira SEMIFINAL de Copa do Rei do clube, conquistada eliminando o REAL MADRID nas quartas com uma vitória de 2 a 1 no SANTIAGO BERNABÉU. A queda veio na última rodada da temporada seguinte, num empate em 2 a 2 em casa, contra o próprio Real Madrid. Em 2017 o clube chegou a planejar mudar o nome para Leganés Madrid para se colocar no mapa.
O Butarque foi construído em 1998, depois de trinta e dois anos no Luis Rodríguez de Miguel. Em 2023-24 o clube ganhou a segunda divisão e subiu de novo, para cair na temporada seguinte. E as vendas explicam o resto: Yan Diomande saiu por 25 MILHÕES de euros ao RB LEIPZIG em 2025, Youssef En-Nesyri por 20 ao Sevilha, Martin Braithwaite por 18 ao BARCELONA e Diego Rico por 15 ao Bournemouth.
