A data de fundação é 7 de outubro de 1900, e o que houve nela foi uma desobediência: Arthur Beier e oito colegas do Kieler Männer-Turnverein von 1844 foram a Lübeck sem autorização do conselho de ginástica e ganharam de 1 a 0, gol de Georg P. Blaschke. O outro fundador nasceu em 4 de maio de 1902, de três estudantes que criaram o FC Holstein numa cabana de jardim do Knooper Weg. Os dois se fundiram em 7 de junho de 1917, no Zentral-Hotel, e desde 1911 a roupa é a mesma: camisa azul, calção branco e meião vermelho, as cores do estado.
Kiel é a capital de Schleswig-Holstein e foi o porto militar mais importante da Alemanha, e por décadas este clube foi o dono do futebol do norte. Foi o ÚNICO time a se classificar para todos os campeonatos do norte alemão disputados entre 1906 e 1933, e ganhou seis deles, em 1910, 1911, 1912, 1926, 1927 e 1930. Chegou a três finais alemãs: perdeu a de 1910 para o Karlsruher FV por 1 a 0 na prorrogação e a de 22 de junho de 1930 para o Hertha BSC por 5 a 4, diante de 40 mil pessoas em Düsseldorf.
O campeonato alemão de 1912 é o único título nacional da história, e ele é anterior à Primeira Guerra Mundial. Saiu em 26 de maio: 1 a 0 sobre o mesmo Karlsruher FV, que tinha OITO jogadores de seleção, gol de pênalti de Ernst Möller diante de 10 mil pessoas no Hoheluft, em Hamburgo. Depois disso vieram treze Copas de Schleswig-Holstein, três Copas do Norte da Alemanha e cento e doze anos sem nada de âmbito nacional.
A guerra levou 86 sócios, entre eles quatro campeões de 1912, e as bombas levaram o estádio, reconstruído a partir de 1949 até caber 30 mil pessoas em 1950. A iluminação é de 1957, a venda do terreno à prefeitura é de 1975, e na virada do milênio arquibancadas interditadas derrubaram a capacidade para 8 mil. Em 2007 o clube caiu para a QUARTA divisão com 48 pontos, mais pontos do que qualquer rebaixado das três primeiras divisões alemãs havia somado desde a adoção dos três pontos por vitória.
A volta custou duas repescagens perdidas, para o Wolfsburg em 2018 e para o Colônia em 2021, quando venceu 1 a 0 fora e perdeu 5 a 1 em casa. Em 2024 o clube chegou à BUNDESLIGA pela primeira vez, cento e vinte e quatro anos depois de ser fundado. Foi a estreia mais tardia de qualquer clube na história da primeira divisão alemã, e ela durou uma temporada. O acesso foi selado em 11 de maio de 2024, num 1 a 1 com o Fortuna Düsseldorf, e naquela temporada o time fez doze vitórias e 39 pontos fora de casa, os dois recordes da 2. Bundesliga.
Gerd Koll fez 144 gols em 271 jogos e Hans-Peter Ehlers jogou 375 partidas, os dois recordes da casa. Nenhum dos dois jogou primeira divisão por este clube, porque não havia primeira divisão para jogar. O Holstein-Stadion está no mesmo terreno desde 15 de outubro de 1911, hoje com 15.034 lugares, e em dezembro de 2025 o clube anunciou um estádio de 22.087 lugares ali mesmo, para o fim de 2030. O mercado é o mais internacional da segunda divisão alemã: a maior compra da história são 2,5 milhões de euros, de John Tolkin ao New York Red Bulls em 2024, e o elenco de 2026-27 tem TRÊS japoneses, um americano, um argentino, dois kosovares, um esloveno, um sérvio, um croata, três dinamarqueses, um norueguês, um eslovaco, um georgiano, um holandês e um luxemburguês.
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