A origem deste clube é uma MUDANÇA FORÇADA. No meio da temporada 1954-55, o plantel inteiro do BSG Empor Lauter, de uma cidade perto da fronteira tcheca, foi transferido para Rostock por ordem de funcionários do partido (Karl Mewis e Harry Tisch, secretários do SED), contra os protestos inúteis da torcida local. O clube de Lauter simplesmente desapareceu da competição. Isso não era incomum na Alemanha Oriental dos anos 1950, onde clubes eram renomeados, desmontados ou mudados de cidade a critério de quem tinha cargo.
O SC Empor Rostock assumiu a vaga na primeira divisão em novembro de 1954, patrocinado pelo combinado PESQUEIRO VEB Fischkombinat Rostock. Foi vice-campeão no ano seguinte, caiu em 1956, voltou em 1958 e emplacou TRÊS vice-campeonatos seguidos entre 1962 e 1964. Em 1965 a reorganização do esporte na Alemanha Oriental tornou o departamento de futebol independente como FC Hansa Rostock, um dos DEZ clubes dedicados ao futebol que o país criou para formar jogadores para a seleção. O nome homenageia a Liga Hanseática, e o escudo traz uma COCA, o navio mercante da Hansa, que dá ao clube o apelido de Kogge.
Nos anos 1970 o time passou a terminar na metade de baixo e caiu três vezes para a segunda divisão. Nos anos 1980 recuperou. E então veio 1990-91, a ÚLTIMA temporada do futebol da Alemanha Oriental, jogada na NOFV-Oberliga de transição: este clube foi CAMPEÃO. É o único título de primeira divisão da história dele, na Alemanha Oriental ou na unificada. E ganhou também a ÚLTIMA Copa da Alemanha Oriental, 1 a 0 sobre o Stahl Eisenhüttenstadt. A DOBRADINHA final de um país que ia deixar de existir.
Por causa daquele título, a Bundesliga foi ampliada de dezoito para VINTE times em 1991-92 para acomodar dois clubes do leste: este e o Dynamo Dresden. Hansa caiu por UM PONTO, atrás do Wattenscheid 09. Três anos na 2. Bundesliga, o título dela em 1994-95, e então DEZ temporadas seguidas na Bundesliga, com dois sextos lugares como melhor resultado, o único clube do antigo leste capaz de encarar consistentemente os times ricos do oeste. Em 1º de dezembro de 2002 este clube foi o PRIMEIRO da história da Bundesliga a escalar SEIS estrangeiros do mesmo país num jogo: Rade Prica, Marcus Lantz, Peter Wibrån, Andreas Jakobsson, Magnus Arvidsson e Joakim Persson, todos SUECOS.
Em 2004-05 o time fez UMA vitória e cinco empates nas primeiras dezessete rodadas. Nem a chegada tardia do finlandês Jari LITMANEN salvou, e o rebaixamento deixou o antigo território da Alemanha Oriental SEM NENHUM clube na primeira divisão pela primeira vez desde a reunificação. A explicação econômica está na própria Wikipédia: Stefan Beinlich, Oliver Neuville e Victor Agali foram três dos jogadores mandados para o oeste em troca de dinheiro enquanto os clubes do leste lutavam para sobreviver. Em 2010 a casa perdeu a repescagem para o Ingolstadt e caiu à 3. Liga; em 2021 voltou à segunda; em 2023-24 caiu de novo. O Ostseestadion tem 29 mil lugares, o clube tem mais de TRINTA E UM MIL sócios, e um estudo de 2007 apontava a sétima maior torcida da Alemanha.