O clube nasceu em setembro de 1879 como Fulham St Andrew's Church Sunday School, fundado por frequentadores de uma igreja anglicana da Star Road, em West Kensington, quase todos jogadores de críquete. O nome encolheu para Fulham em dezembro de 1888, e em 1896 o time se instalou no Craven Cottage, um terreno tão coberto de mato que levou dois anos para virar campo. O profissionalismo veio em 12 de dezembro de 1898, o terceiro caso de Londres depois de Arsenal e Millwall. O primeiro registro de uniforme todo branco é de 1903, e desde então a camisa é branca e o calção é preto, sem exceção. Vieram dois títulos da Southern League, em 1905-06 e 1906-07, e a entrada na Football League em 1907.
Em 1904 o presidente Henry Norris recusou a oferta do empresário Gus Mears para mudar o clube ao terreno do Stamford Bridge, por causa do aluguel. Mears montou o próprio time para ocupar o estádio e assim o Fulham criou o Chelsea, que passou a existir dentro do mesmo distrito. O clube ficou 21 anos sem melhorar o quarto lugar da estreia na segunda divisão, caiu à terceira em 1927-28, voltou como campeão em 1931-32 com 111 gols em 42 jogos, e em 8 de outubro de 1938 recebeu 49.335 pessoas contra o Millwall, o recorde de público que segue de pé. A primeira divisão só chegou em 1948-49, com o título da segunda.
A figura que organiza tudo é Johnny Haynes, que assinou como garoto de escola em 1950 e estreou no Boxing Day de 1951, na temporada em que o clube terminou em último. Ficou dezoito anos, fez 658 jogos e 158 gols, nunca vestiu outra camisa britânica e foi capitão da Inglaterra em 22 das 56 partidas que jogou pela seleção. Quando o teto salarial de 20 libras semanais caiu, em 1961, virou o primeiro jogador inglês a receber 100 libras por semana. Um acidente de carro em Blackpool, em 1962, tirou dele a forma e a seleção, e ele não estava na Copa de 1966 que George Cohen, lateral-direito saído da base e de um clube só, ganhou. Haynes morreu num acidente em outubro de 2005 e a arquibancada da Stevenage Road passou a levar o nome dele.
Depois de dois rebaixamentos seguidos no fim dos anos 1960, a única final de Copa da Inglaterra da história saiu em 1975, ainda na segunda divisão, com derrota por 2 a 0 para o West Ham em Wembley e Bobby Moore e Alan Mullery no elenco. Nos anos 1990 o clube chegou ao 17º lugar da quarta divisão, o pior resultado que já teve, e foi comprado por Mohamed Al-Fayed em 1997 por 6,75 milhões de libras, com a promessa de Premier League em cinco anos. Deu certo em quatro: Kevin Keegan subiu em 1998-99 e Jean Tigana levou o clube à elite em 2000-01, as duas campanhas com 101 pontos, o que nenhum outro clube inglês fez duas vezes. Em 2002 veio a Copa Intertoto sobre o Bologna, que segue sendo a única taça da galeria, dividida com Málaga e Stuttgart.
O melhor time da história é o de Roy Hodgson, que assumiu em dezembro de 2007 com o clube na zona de rebaixamento, salvou a temporada com o gol de cabeça de Danny Murphy em Portsmouth, terminou em sétimo em 2008-09, a melhor colocação de liga que o Fulham já teve, e em 2009-10 eliminou Shakhtar Donetsk, Juventus, Basileia e Hamburgo até perder a final da Liga Europa para o Atlético de Madrid por 2 a 1 na prorrogação. Shahid Khan comprou o clube em 2013 e herdou um sobe e desce de três rebaixamentos e três acessos entre 2014 e 2022, encerrado por Marco Silva, que subiu como campeão em 2021-22 e ficou cinco temporadas. Numa carreira, é um clube de meio de tabela consolidado que financia cada compra vendendo o melhor jogador que tem, e que em 147 anos nunca ganhou a primeira divisão nem uma copa nacional.
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