O clube nasceu em 1878 como St. Domingo's, um time montado para que os fiéis de uma capela metodista da Breckfield Road North tivessem o que fazer no inverno, já que no verão jogavam críquete. O primeiro jogo foi uma vitória por 1 a 0 sobre o Everton Church Club. Dez anos depois estava entre os fundadores da Football League e em 1890-91 já era campeão inglês, dois pontos à frente do Preston North End. Nenhum clube inglês acumulou tantas temporadas de primeira divisão, e são só quatro as que ficaram de fora em toda a história.
Dixie Dean chegou do Tranmere Rovers em 1925 e em 1927-28 fez 60 gols em 39 jogos de liga, marca que segue de pé e que veio junto com o terceiro campeonato inglês. Foram 383 gols em 433 partidas, e o segundo colocado da lista de artilheiros do clube tem menos da metade disso. O time caiu para a segunda divisão em 1930, voltou como campeão na primeira tentativa e foi campeão inglês outra vez em 1931-32 e em 1938-39.
A segunda era veio com Howard Kendall, que pegou o time em 1981 e ganhou a Copa da Inglaterra de 1984, os campeonatos ingleses de 1984-85 e 1986-87 e a Recopa Europeia de 1985, o único troféu europeu da história do clube. Em 1985 faltou pouco para a tríplice coroa, que morreu na final da Copa da Inglaterra contra o Manchester United.
Depois disso vieram trinta anos sem nada. O último troféu é a Copa da Inglaterra de 1995, ganha do Manchester United por 1 a 0 com Joe Royle no comando, e a chegada mais perto foi o vice de 2009 com David Moyes. Farhad Moshiri comprou quase metade das ações em 2016 e gastou muito sem chegar a lugar nenhum. Em novembro de 2023 a Premier League tirou dez pontos do Everton por prejuízo acima do teto de 105 milhões de libras em três anos, a maior punição da história da competição, e dois meses depois veio uma segunda acusação pelo período seguinte.
O Friedkin Group comprou 94,1% do clube em dezembro de 2024 e trouxe David Moyes de volta em 9 de janeiro de 2025, quase doze anos depois do fim da primeira passagem. Na temporada seguinte o Everton deixou Goodison Park, onde jogava desde 1892, e mudou para o Hill Dickinson Stadium, erguido no Bramley-Moore Dock por cerca de 750 milhões de libras, com 52.769 lugares. Terminou 2025-26 em 13º, com 49 pontos.