O clube é de Cottbus, na Baixa Lusácia, a 125 quilômetros de Berlim e a vinte da fronteira com a Polônia. O nome também existe em sórabo baixo, Energija Chóśebuz, porque esta é a região da minoria eslava da Alemanha. A palavra Energie saiu de um concurso do jornal Lausitzer Rundschau com 450 leitores, sugerida por Bodo Krautz: o distrito vivia de usinas e de minas de carvão a céu aberto. A casa é o LEAG Energie Stadion, com 20.602 lugares, que se chamou Stadion der Freundschaft até 2023 e é do próprio clube, comprado da prefeitura em 2011 por cerca de 1,95 milhão de euros.
A raiz é mineira. O antecessor mais antigo é um clube de mineiros de carvão fundado em 1919 na vila de Marga, que virou BSG Aktivist Brieske-Ost em 1950. Os jogadores dele foram transferidos por ordem do regime para o SC Cottbus, criado em 1963 na ALEMANHA ORIENTAL. Em 31 de janeiro de 1966 o futebol saiu do clube poliesportivo e passou à BSG Energie Cottbus, e em 1 de julho de 1990, com a reunificação, nasceu o FC Energie.
A primeira subida à Oberliga do leste veio em 7 de julho de 1973, com um gol de Klaus Stabach. Ficar lá era o problema: por decisão do partido, os melhores talentos daqui eram entregues ao BFC Dynamo, de Berlim, e como clube de empresa esta casa tinha prioridade baixa para contratar. Deu cinco subidas, em 1973, 1975, 1981, 1986 e 1988, e quatro rebaixamentos imediatos, em 1974, 1976, 1982 e 1987. Mesmo assim, a média de 11.055 pagantes na última temporada da Oberliga foi a segunda do campeonato.
Em 1997 este foi o PRIMEIRO clube do leste da Alemanha a jogar uma final de Copa da Alemanha, e o primeiro de terceira divisão a chegar lá: 0 a 2 para o Stuttgart de Krassimir Balakov, Fredi Bobic e Giovane Élber, no Olímpico de Berlim. No mesmo ano, com Eduard Geyer, veio a subida à segunda divisão em cima do Hannover 96, e em 2000 a Bundesliga. Em 6 de abril de 2001, contra o Wolfsburg, foi o primeiro time da história da Bundesliga a começar uma partida com onze estrangeiros.
Foram dezessete temporadas seguidas entre as duas primeiras divisões, com três anos de Bundesliga a partir de 2000 e outros três a partir de 2006. Em 2004-05, com 4,5 milhões de euros de dívida, a permanência saiu por UM GOL marcado a mais que o Eintracht Trier, com pontos e saldo iguais, e foi nessa temporada que Petrik Sander assumiu o lugar de Geyer. O recorde na elite são 41 pontos e o 13º lugar em 2006-07, e até 2009 esta era a ÚNICA equipe do antigo leste na Bundesliga. Na tabela de todos os tempos do campeonato são 211 pontos, em 35º.
A queda foi longa. Em 2014 caiu para a terceira divisão, em 2016 para a QUARTA, subiu em 2018, caiu em 2019, foi campeão da Regionalliga em 2023 sem subir, subiu em 2024 com 2 a 0 no Hertha BSC II e voltou à segunda divisão depois de 2025-26, doze anos depois: é clube recém-promovido no FC 27. São três títulos da Regionalliga Nordeste e dez Copas de Brandemburgo. Detlef Irrgang tem os dois recordes da casa, 154 gols e 399 partidas, e as duas maiores vendas foram para os dois maiores clubes do país, Nils Petersen ao BAYERN por 2,8 milhões de euros em 2011 e Leonardo Bittencourt ao BORUSSIA DORTMUND por 2,7 milhões em 2012. E Bittencourt está de volta no elenco de 2026-27, com trinta e dois anos, DE GRAÇA, quatorze anos depois de sair.