O clube foi fundado em 15 de dezembro de 1895 na Baixa Saxônia, na casa do engenheiro Karl Schaper, como Fußball- und Cricket Club Eintracht, por adolescentes que jogavam bola na rua no Leonhardplatz. Foi um dos fundadores da federação alemã, em 28 de janeiro de 1900. O azul e o amarelo são as cores do antigo ducado de Brunsvique, e o Eintracht-Stadion, hoje com 23.325 lugares, foi inaugurado em 17 de junho de 1923 com um jogo contra o 1. FC Nürnberg diante de 15 mil pessoas.
O campeonato alemão de 1967 é o único título nacional da história, e ele foi ganho com o menor número de gols de qualquer campeão da Bundesliga, quarenta e nove em trinta e quatro partidas. Do outro lado, sofreu 27, recorde da liga que só caiu em 1988: o vice, o TSV 1860 München, tomou 47 e ficou dois pontos atrás. O título saiu num 0 a 0 em Essen, na rodada 33. Os campeões ganhavam 1.200 marcos por mês e 250 por vitória, e quase todos tinham emprego fora do futebol.
Em 1971 o clube entrou no maior escândalo do futebol alemão pelo lado de quem recebeu. O empreiteiro Rupert Schreiner, padrinho do Arminia Bielefeld, prometeu 40 mil marcos a jogadores do Eintracht se o time não perdesse o último jogo, contra o Rot-Weiß Oberhausen, em 5 de junho. Deu 1 a 1, Schreiner tentou não pagar e foi encurralado no aeroporto por Max Lorenz, que levou o dinheiro. A federação suspendeu Lorenz, que nunca mais jogou na Bundesliga, e o capitão Lothar Ulsaß por dezessete meses, até ser vendido ao Wiener Sportklub. Outros treze foram multados em 4.400 marcos cada.
Mas o marco mais duradouro deste clube não é esportivo. Em 24 de março de 1973 o Eintracht foi o PRIMEIRO time a estampar um patrocinador na camisa na Bundesliga, o veado do Jägermeister, e o fez driblando a proibição: transformou o logotipo da marca no escudo do clube. Günter Mast, o fabricante do licor, pôs 20 milhões de marcos na casa e em dezembro de 1983 fez 96,3 por cento dos sócios presentes votarem por rebatizar o clube de Sportverein Jägermeister Braunschweig. A federação barrou o nome, e Mast só venceu no Supremo alemão em novembro de 1986. Todo patrocínio de camisa no futebol europeu começa aqui.
A queda tem números difíceis de repetir. Em 1986-87 o time caiu com saldo de gols POSITIVO, 52 a 47, o único rebaixamento assim da história do futebol profissional alemão. Em 2016-17 terminou em terceiro com 66 pontos e não subiu, recorde de pontos para um time que não sobe, e perdeu a repescagem para o vizinho Wolfsburg por 1 a 0 nos dois jogos. Em 2017-18 caiu à terceira divisão com 39 pontos, também recorde.
Franz Merkhoffer jogou 613 partidas aqui, noventa e nove a mais que o segundo colocado, em dezesseis temporadas, e Bernd Franke defendeu 514 vezes e foi convocado pela seleção alemã. Nenhum dos dois jogou por outro clube profissional. Paul Breitner passou uma temporada aqui, em 1977-78, comprado do REAL MADRID por 800 mil euros e vendido ao Bayern de Munique por 925 mil, a passagem mais improvável da história do clube. O mercado é minúsculo: NENHUMA compra chegou a 1 milhão de euros, e a maior venda são 3,1 milhões, de Onel Hernández ao Norwich em 2017. O elenco de 2026-27 tem vinte e oito jogadores e NENHUM produto da própria base, o clube monta o time comprando descarte de outros.