O futebol em Dijon começou em 1903, com o Cercle Laïque Dijonnais, que criou a seção de futebol em 1913. Na Segunda Guerra ele virou Cercle Sportif Dijon, se fundiu com o FC Dijon e entrou na Division d'Honneur da Borgonha em 1945. Nos anos 1960 os dirigentes RECUSARAM repetidas propostas das autoridades para o clube virar profissional, o time foi desmontado e caiu em 1967.
Nos anos 1970 vários clubes pequenos se fundiram para formar o Dijon FC, que virou o rival do Cercle na própria capital da Borgonha. O Cercle jogou a segunda divisão entre 1987 e 1991, declinou financeiramente, e em 1998 os dois principais clubes da cidade finalmente se juntaram para criar o Dijon Football Côte-d'Or.
A subida veio na última rodada, contra o Calais, e no mesmo ano o clube bateu o Alès para ganhar o campeonato AMADOR da França, o primeiro troféu da história. Em 2002 chegou Rudi Garcia, e o clube virou profissional em 2004. Naquele ano fez uma campanha de copa inesquecível: bateu Saint-Étienne, Lens, Reims e Amiens antes de perder para o Châteauroux na SEMIFINAL, e subiu à segunda divisão.
Na primeira temporada da segunda divisão, em 2005-06, terminou em QUARTO com recursos limitados e infraestrutura ruim, e eliminou o Bordeaux na Copa da Liga. Rudi Garcia saiu em junho de 2007 para o Le Mans. Depois vieram a primeira divisão, o rebaixamento de 2011-12, a volta em 2016, cinco temporadas na elite e DOIS rebaixamentos em três anos, que jogaram o clube fora do futebol profissional em 2022-23.
O único título profissional da casa é o campeonato da TERCEIRA divisão de 2026, que traz o clube de volta. E o elenco conta a história melhor que qualquer texto: Julio Tavarès, o maior artilheiro da história com 83 gols em 301 partidas, está de volta aos TRINTA E SETE anos, e Jordan Marié, o recordista de jogos com 351, é o capitão aos trinta e quatro. As vendas de outro tempo foram Loïs Diony por 10 MILHÕES ao Saint-Étienne e Alfred Gomis por 10 ao Rennes.