A primeira encarnação deste clube é de 1911, com o nome Stade Clermontois. Ele chegou à semifinal da Copa da França em 1945-46, perdeu o status profissional depois de 1946-47 por dificuldades financeiras e o recuperou em 1966. Em 1984 o Stade Clermontois se fundiu com o AS Montferrand, e o clube atual nasceu de uma nova fusão em 1990.
Depois de ser rebatizado de Clermont Foot Auvergne, a casa teve de recomeçar na Division d'Honneur, o topo do futebol amador francês. Levou TREZE anos subindo até chegar à segunda divisão em 1993. No caminho fez campanhas de copa que a cidade não esqueceu: em 1997 eliminou Martigues, Lorient e o PARIS SAINT-GERMAIN antes de cair diante do Nice.
Em 2014 este clube fez história no futebol francês: foi o PRIMEIRO time profissional masculino da França a contratar uma treinadora. Helena Costa assumiu em 7 de maio e pediu demissão em 24 de junho, menos de dois meses depois, e foi substituída por outra mulher, Corinne Diacre, que ficou TRÊS temporadas e depois virou treinadora da seleção feminina da França.
A subida à primeira divisão veio em 2021, pela PRIMEIRA vez em toda a história do clube, depois de um segundo lugar na segunda divisão de 2020-21. O time ficou três temporadas na elite e caiu em 2023-24. Os únicos títulos da casa são dois campeonatos da terceira divisão, em 2002 e 2007, e o estádio tem 10.800 lugares, um dos menores desta coleta.
A camisa 14 está aposentada, em homenagem póstuma ao zagueiro Clément Pinault, que jogou aqui em 2008-09. E o mercado é uma máquina de valorização: Mohamed Bayo fez 37 gols em 80 partidas e foi vendido por 14 MILHÕES de euros ao Lille, Alidu Seidu saiu por 11 ao Rennes e Adrian Grbic por 9 ao Lorient. Em 2026-27 OITO dos vinte e cinco jogadores do elenco vieram do time B.