O Burnley nasceu em 18 de maio de 1882, quando os sócios de um time de rúgbi chamado Burnley Rovers votaram por trocar de esporte e derrubaram o sobrenome poucos dias depois. Virou profissional já em 1883, recusou entrar na Federação Inglesa enquanto ela proibia pagar jogador e liderou 35 clubes na fundação de uma federação dissidente para forçar a mudança. Em 1888 estava entre os doze fundadores da Football League, a primeira liga de futebol do mundo, e é um dos cinco clubes ingleses que já ganharam as quatro divisões profissionais do país.
O primeiro título grande veio na Copa da Inglaterra de 1914, com gol de Bert Freeman sobre o Liverpool e a taça entregue por Jorge V, a primeira vez que um rei coroado fez isso. Em 1920-21 o clube perdeu os três primeiros jogos do Campeonato Inglês, ficou 30 partidas sem perder e foi campeão, um recorde nacional que durou até o Arsenal de 2003-04. O segundo título inglês, o de 1959-60, é o que explica o clube até hoje. O elenco tinha custado 13 mil libras em transferências, o resto tinha saído da academia, e uma cidade de 80 mil habitantes virou uma das menores a produzir um campeão da primeira divisão.
Depois disso o chão cedeu. O fim do teto salarial em 1961 tirou dos clubes de cidade pequena a chance de competir por dinheiro, a venda de Jimmy McIlroy ao Stoke em 1963 rachou a relação com a torcida e a queda foi degrau por degrau, primeira divisão em 1976, terceira em 1980, quarta em 1985. Em 9 de maio de 1987 o clube ganhou do Orient no último jogo e escapou por um triz de cair para fora da liga. O título da quarta divisão em 1991-92 completou as quatro e começou a volta.
A reconstrução moderna tem dois nomes. Sean Dyche pegou o clube em outubro de 2012 e subiu duas vezes, em 2013-14 e no título da Championship de 2015-16, e o sétimo lugar de 2017-18 devolveu o Burnley à Europa depois de 51 anos. Vincent Kompany chegou em 2022, foi o primeiro treinador de fora das Ilhas Britânicas na história do clube, ganhou a Championship com sete rodadas de antecedência e saiu para o Bayern por 10,2 milhões de libras. Entre um e outro, e depois deles, o time subiu e caiu quatro vezes em doze anos.
Em dezembro de 2020 a americana ALK Capital comprou 84% do clube por 170 milhões de libras numa operação alavancada, e a dívida foi parar no balanço do Burnley, que saiu de zero para cerca de 100 milhões a juros de aproximadamente 8% ao ano. É essa conta que manda no clube. Em 2024-25 o time fez 100 pontos, sofreu 16 gols em 46 jogos e mesmo assim terminou em segundo, o primeiro da história da liga a chegar aos 100 sem ser campeão. Um ano depois caiu com 22 pontos e quatro vitórias, o pior número da história do clube. Numa carreira, é um clube que precisa vender para respirar e que trata a Premier League como visita, não como endereço.
