O Burgos CF original foi fundado em 1922, também conhecido como Gimnástica Burgalesa, e jogou QUATRO temporadas consecutivas na primeira divisão até cair em 1979-80. Naquele time estavam Miguel Ángel Portugal e Antonio García Navajas, que depois assinaram os dois com o REAL MADRID, e passaram pelo banco os treinadores Arsenio Iglesias e Lucien Müller.
Depois de duas temporadas de segunda divisão veio uma crise financeira grave. Em 1981-82 o clube foi rebaixado ADMINISTRATIVAMENTE à Segunda B por não pagar os jogadores, apesar de ter terminado em oitavo. Em 1982-83 foi terceiro do Grupo I, e a situação era insustentável: em 24 de maio de 1983, numa assembleia geral extraordinária presidida por Miguel Jerez, aprovou-se a DISSOLUÇÃO do clube.
O time reserva, o Burgos Promesas, acabara de subir à terceira divisão. Ele foi separado e continuou competindo como Real Burgos CF, que jogou TRÊS temporadas na primeira divisão e encerrou as atividades pouco depois do rebaixamento de 1993. Foi nesse momento que o Burgos CF foi refundado.
O clube atual foi criado em 1985 com o nome Club Deportivo Burgos Club de Fútbol, mas só começou a competir em 1994, na Primera Provincial, o SEXTO nível do futebol espanhol, com Félix Arnaiz como treinador. Ele conseguiu duas promoções consecutivas até a terceira divisão, e em 1997 o clube chegou pela primeira vez à Segunda B.
Os títulos desta casa são todos dessa segunda vida: duas terceiras divisões, em 2000-01 e 2020-21, quatro quartas, uma Copa Federação de 1996-97 e cinco Copas Federação de Castela e Leão. O estádio é El Plantío, com 12.642 lugares. E o mercado moderno já rende: Fer Niño foi comprado do time B do Villarreal por 1,2 milhão de euros em 2023 e vendido ao Elche por 4 MILHÕES em 2026.