O clube nasceu no outono de 1899, com o nome de Boscombe Football Club, do que sobrou do Boscombe St. John's Institute. Em 1910 o empresário J. E. Cooper-Dean cedeu um terreno de antiga cascalheira ao lado do Kings Park, e o campo ganhou o nome do benfeitor. Foi por essa época que apareceu o apelido de Cherries, que uns explicam pelas listras vermelho-cereja da camisa e outros pelas cerejeiras que teriam existido na propriedade dos Cooper-Dean. Em 1923 o nome virou Bournemouth & Boscombe Athletic e o clube foi eleito para a Terceira Divisão Sul, onde acabou virando o mais longevo membro contínuo da terceira divisão inglesa. O nome atual chegou em 1971-72, escolhido para o clube aparecer em primeiro em qualquer lista alfabética do futebol inglês, na frente de Arsenal e Aston Villa.
A camisa vermelha e preta em listras é de 1971 e foi copiada do Milan. Era o tempo de Ted MacDougall, que em 20 de novembro daquele ano fez nove gols no 11 a 0 sobre o Margate pela Copa da Inglaterra, a maior vitória da história do clube em qualquer competição. A década seguinte pertenceu a Harry Redknapp. Em janeiro de 1984 o Bournemouth derrubou no Dean Court o Manchester United que era o campeão em exercício da Copa da Inglaterra, por 2 a 0. Em maio ganhou o primeiro Troféu da Football League, na edição inaugural, batendo o Hull City por 2 a 1 em Boothferry Park. Em 1986-87 veio o título da terceira divisão e a primeira subida à segunda em oitenta e oito anos de clube.
Em 5 de maio de 1990 o Leeds venceu por 1 a 0 no Dean Court, subiu e deixou o Bournemouth rebaixado, e a violência da torcida visitante custou mais de 1 milhão de libras à cidade e proibiu o clube de jogar em feriados até 2003. O que veio depois foi um longo declínio. Em fevereiro de 2008 o clube entrou em recuperação judicial com cerca de 4 milhões de libras de dívida, levou dez pontos de punição, caiu para a quarta divisão e quase deixou de existir. Na temporada seguinte a liga ameaçou barrar a inscrição e acabou liberando com dezessete pontos de punição, que é o buraco mais fundo em que um clube inglês já começou uma temporada.
Eddie Howe assumiu em dezembro de 2008, aos 31 anos, como o técnico mais jovem da Football League, e no último jogo em casa daquela temporada Steve Fletcher fez o gol da vitória por 2 a 1 sobre o Grimsby Town que salvou o clube. Foram vice-campeões da quarta divisão em 2010, vice da terceira em 2013 e campeões da Championship em 2015, a primeira subida à elite em cento e dezesseis anos. Cinco temporadas depois veio o rebaixamento de 2020, e Scott Parker devolveu o clube à Premier League em 2022 com 88 pontos.
Em dezembro de 2022 a Black Knight Football Club, de Bill Foley, comprou o clube, e desde então o método é comprar jovem na Europa, vender um nome grande por temporada e reinvestir na mesma janela. Andoni Iraola bateu o recorde de pontos do clube na Premier League três anos seguidos, 48 em 2023-24, 56 em 2024-25 e 57 em 2025-26, e a sexta colocação da última temporada é a melhor campanha de liga da história e a primeira vaga europeia em cento e vinte e sete anos. Numa carreira, é um clube que já provou que sobe e agora precisa provar que segura, com um estádio de doze mil lugares bancando um elenco que vendeu Solanke por 65 milhões, Semenyo por 64, Zabarnyi por 54,5 e Huijsen por 50 em apenas duas temporadas.