O clube foi fundado em 19 de dezembro de 1909 por dezoito rapazes insatisfeitos com a Trinity Youth, a agremiação da paróquia católica local onde jogavam sob a supervisão do padre. Quando o padre Dewald tentou entrar na sala do bar Zum Wildschütz para dissolver a reunião de fundação, encontrou a porta bloqueada. O nome Borussia é o latim para Prússia, mas não veio da história: veio da cerveja Borussia, da cervejaria do mesmo nome ali perto. O primeiro uniforme era de listras azuis e brancas com uma faixa vermelha e calção preto, e as listras preto e amarelo só apareceram em 1913.
As décadas seguintes foram de futebol regional e pouco resultado. Em 1929 o clube quase faliu: a tentativa de melhorar o time contratando profissionais pagos deu errado e deixou uma dívida que só foi coberta porque um torcedor local pagou a diferença do próprio bolso. O primeiro título nacional veio em 1956, e o segundo em 1957. Em 1963 o Borussia foi um dos dezesseis fundadores da Bundesliga, e em 1966 ganhou a Recopa Europeia, o primeiro título continental de um clube alemão. Depois disso vieram vinte anos ruins, incluindo um rebaixamento em 1972 e uma década inteira na segunda divisão até 1976.
Desde 1974 a casa é o Westfalenstadion, hoje chamado Signal Iduna Park, o maior estádio da Alemanha com 81.365 lugares. A arquibancada sul, a Muralha Amarela, é a maior geral em pé da Europa, e o clube tem a maior média de público de qualquer time de futebol do mundo. Os anos 1990 foram a melhor fase: dois campeonatos alemães em 1995 e 1996, e a Liga dos Campeões de 1997, ganha em Munique contra a Juventus por 3 a 1, com o gol de Lars Ricken num toque de cobertura oito segundos depois de entrar em campo. No fim daquele ano veio a Copa Intercontinental.
O começo dos anos 2000 quase acabou com o clube. Depois de abrir capital na bolsa em 2000, o Borussia gastou o que não tinha e em 2005 esteve a poucos dias da insolvência, salvo por um acordo com os credores que incluiu vender o próprio estádio e alugá-lo de volta. A reconstrução foi feita por outro caminho: com Michael Zorc como diretor esportivo e Jürgen Klopp como técnico a partir de 2008, o clube ganhou os campeonatos de 2010-11 e 2011-12, o segundo com a dobradinha, e chegou à final de Wembley em 2013, perdida para o Bayern por 2 a 1.
O modelo que saiu dali é o que define o clube hoje: comprar jovem, dar minutos e vender caro. A lista das dez maiores vendas da história soma mais de 700 milhões de euros e é quase toda de jogadores que chegaram com vinte anos ou menos, Dembélé por 148 milhões ao Barcelona, Jude Bellingham por 127 ao Real Madrid, Jadon Sancho por 85 ao Manchester United, Christian Pulisic por 64 ao Chelsea, Erling Haaland por 60 ao Manchester City. A maior compra da história são 35 milhões. São 218 mil sócios, o segundo maior número da Alemanha e o quinto do mundo, e o clube voltou à final da Liga dos Campeões em 2024, perdida para o Real Madrid.