O clube foi fundado em 27 de fevereiro de 1900 por onze sócios do MTV 1879 München que se recusaram a aceitar a decisão do clube de ginástica de não filiar o time de futebol à federação alemã. O grupo saiu no meio da reunião e fundou o Fußball-Club Bayern München na mesma noite, com Franz John na presidência. O primeiro título nacional só veio em 1932, com 2 a 0 sobre o Eintracht Frankfurt na final, um time montado pelo presidente judeu Kurt Landauer e pelo técnico húngaro Richard Dombi. Um ano depois, com a chegada dos nazistas ao poder, Landauer foi obrigado a deixar o cargo e o Bayern passou a ser tratado como clube de judeus, o que lhe custou uma geração inteira.
Quando a Bundesliga foi criada em 1963, o Bayern não foi convidado. Munique tinha direito a um representante e a federação escolheu o 1860, que era o campeão da cidade e o clube maior naquele momento. O Bayern subiu em 1965, dois anos depois, com um time que tinha Franz Beckenbauer de dezenove anos, Gerd Müller de vinte e Sepp Maier de vinte e um, os três formados ali. Ganhou a Copa da Alemanha em 1966 e 1967, a Recopa Europeia em 1967 e o primeiro campeonato da era Bundesliga em 1968-69. O erro da federação em 1963 nunca mais se repetiu na prática: desde então o Bayern ganhou 35 campeonatos alemães.
Entre 1974 e 1976 o clube ganhou três Copas dos Campeões da Europa seguidas, o que só Real Madrid e Ajax tinham feito antes. Gerd Müller fechou a carreira no clube com 570 gols em 613 jogos, uma média que nenhum jogador de nenhuma grande liga europeia alcançou depois; Beckenbauer inventou o líbero moderno e ganhou duas Bolas de Ouro jogando de zagueiro; Maier fez 709 partidas, ainda o segundo maior número da história da casa. Em 1976 veio também a primeira Copa Intercontinental. Os quatro títulos mundiais e europeus daquele elenco saíram do mesmo grupo que, doze meses antes, tinha ganhado a Copa do Mundo de 1974 pela Alemanha Ocidental.
Os vinte e cinco anos seguintes foram de domínio nacional e frustração europeia: seis finais de Copa dos Campeões perdidas entre 1982 e 1999, incluindo a de Barcelona em 1999, decidida pelo Manchester United com dois gols nos acréscimos. A resposta veio em 2001, contra o Valencia, nos pênaltis, com Oliver Kahn defendendo três cobranças, o mesmo Kahn que fez 632 jogos pelo clube e é o terceiro na lista de partidas. No fim daquele ano o clube ganhou a segunda Copa Intercontinental. Em 2005 saiu do Olympiastadion, onde jogava desde 1972, para o Allianz Arena, construído para a Copa de 2006 na Werner-Heisenberg-Allee, com capacidade para 75 mil pessoas.
As duas tríplices coroas são de 2013 e 2020. A primeira foi de Jupp Heynckes, com o campeonato fechado em abril, a Copa da Alemanha e a final de Wembley contra o Borussia Dortmund, ganha por 2 a 1, a única final europeia entre dois clubes alemães. A segunda foi de Hansi Flick, no ano da pandemia, com o 8 a 2 sobre o Barcelona nas quartas e o 1 a 0 sobre o Paris Saint-Germain em Lisboa. Entre 2012-13 e 2022-23 o clube ganhou onze campeonatos alemães seguidos, sequência que nenhuma liga grande da Europa tinha visto. Em 2026 ganhou o 35º campeonato e a 21ª Copa da Alemanha.
O tamanho de hoje é de outra ordem. São mais de 300 mil sócios, o maior número do mundo, e o clube é dono do próprio estádio, o que quase nenhum grande europeu é. A maior compra da história são os 95 milhões de euros pagos ao Tottenham por Harry Kane em 2023; a maior venda são 45 milhões, cifra repetida em três negócios diferentes, Matthijs de Ligt ao Manchester United, Lucas Hernández ao Paris Saint-Germain e Robert Lewandowski ao Barcelona. A diferença entre os dois números é o retrato exato do clube: ele compra o dobro do que vende, e não precisa vender para comprar.
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